7. září 1848 bylo v habsburské monarchii zrušeno poddanství, avšak pouze za finanční náhradu. Proto určitou dobu trvalo, než se všichni obyvatelé Vlhlav vyplatili ze schwarzenberského poddanství; teprve pak se totiž Vlhlavy mohly stát samostatnou obcí či součástí jiné obce. V roce 1850 se tedy Vlhlavy staly součástí obce Plástovice, jíž zůstaly do roku 1882.
Konec 19. a začátek 20. století byl ve Vlhlavech poznamenán vleklým sporem tzv. novousedlíků se starousedlíky. Skupina (či vrstva) novousedlíků se zde utvořila v průběhu první poloviny 19. století, kdy se ve Vlhlavech usadili schwarzenberští dělníci. Stavební místa jim někdy na počátku století byla udělena především na zříceninách někdejší tvrze (usedlosti číslo 6 a 28). Noví obyvatelé Vlhlav si najali i panské pozemky a začali v malém hospodařit. Starousedlíci však měli oproti nim velkou výhodu – mohli obhospodařovat původní tzv. obecní pozemky (pole Járov a louky Průhon a Lískovec). Proto proti nim novousedlíci zahájili r. 1885 spor o spoluužívání. Spor byl vyřešen až roku 1901 za starostování Jana Koupala: Pozemky užívané starousedlíky byly uznány za obecní statek a Járov byl kvůli nízkým výnosům osázen lesem. Další spor však nastal, když se starousedlíci rozhodli obecní statky koupit (r. 1914). Definitivně byl vyřešen r. 1921 Krajským soudem v Českých Budějovicích, a to tak, že starousedlíci si rozdělili obecní statek stejným dílem a novousedlíci koupili pozemky tzv. obecního jmění. Tím byl také (téměř) smazán majetkový rozdíl mezi starousedlíky a novousedlíky.
Významnou událostí pro zdejší obyvatele byla pochopitelně i mobilizace 26. července 1914. Kronikář Josef Šipán o tom zaznamenal:
„V sobotu dne 25. července 1914 proskočila v naší obci zpráva, že Rakousko dalo Srbsku ultimatum 24hodinové a nebude-li mu vyhověno, že vypoví válku! Zpráva tato otřásla myslí všech a každý se strachem očekával druhý den. A ten přišel; přišel a přinesl tu velikou hrůzu, která otřásla pak celým světem…
Právě přicházeli občané ze služeb Božích oné hrozné neděle, svátku sv. Anny, když přihrčel kočár a posel hejtmanství vylepil první plakáty o mobilizaci. Smutek zavládl – loučení nastalo…“1
Během osmi odvodů v průběhu první světové války rukovalo z Vlhlav celkem 35 mužů ve věku od osmnácti do padesáti let. Šest z nich se nevrátilo – čtyři padli a dva zůstali nezvěstní.
Ani těm, kteří zůstali doma, se nedařilo dobře – ty potkaly rekvizice. Ze zprvu dobrovolných dávek vznikly brzy předpisy, kolik obilí a sena si lidé mohou ponechat, nakonec se prováděly i zábory vojenskou asistencí, jež se samozřejmě zvrtly v rabování. Na všechny nutné potraviny, kávu, mýdlo a petrolej byly zavedeny poukázky.
Již 28. října 1918 se proslýchalo, že je válce konec a naše zem nabyla samostatnosti. Nikdo však té zprávě nechtěl po všech prožitých strázních uvěřit. Druhý den již přišla úřední oznámení a ve vsi se rozhořely oslavy. Řečnilo se, byl založen ochotnický spolek, vybírány příspěvky a již velice brzy byl ve Vlhlavech vztyčen pomník padlým a nezvěstným. Pomník byl odhalen 24. listopadu 1918 jako první v celých jižních Čechách a zcela jistě i jeden z prvních v republice.
Po válce, ještě na podzim 1918, zasáhla téměř celý svět pandemie tzv. španělské chřipky. Ve Vlhlavech jí padla za oběť dvě děvčata.
Další důležitou událostí je pozemková reforma, jež r. 1920 zbavila šlechtu a církev pozemkového vlastnictví. V roce 1923 pak byly obecní pozemky natrvalo přenechány občanům. O rok později pak obyvatelé Vlhlav společnými silami postavili silnici k Pištínu.
V roce 1925 proběhly volby do parlamentu a senátu. Drtivou většinu hlasů ve Vlhlavech získali tzv. práškovci, mnohem menší počet republikáni a ještě méně lidovci. Celkem volilo do parlamentu 95 vlhlavských voličů, do senátu pak 73 voličů.
Roku 1927 bylo ve Vlhlavech založeno Družstvo pro rozvod elektrické energie, a tak se v květnu roku 1928 započalo se stavbou rozvodné elektrické sítě. Na začátku srpna 1929 pak bylo v obci slavnostně rozsvíceno.
V letech 1928 a 1929 přišlo na své vlastenecké cítění vlhlavských občanů, a to při příležitosti místních oslav desetiletého výročí založení republiky a tisíciletého jubilea mučednické smrti sv. Václava. Na přelomu 20. a 30. let však udeřily v zimě kruté mrazy (až minus 30 stupňů Celsia) a v létě naopak horka, bouře a krupobití.
22. května 1932 proběhly nové volby do obecního zastupitelstva. Tentokrát se utvořily dvě strany, republikánská a fašistická. Na popud republikánské strany podaly r. 1933 zdejší obce žádost o koupi schwarzenberských lesů, jež sousedily s jejich pozemky. Nakonec byly lesy rozděleny jednotlivým zájemcům, protože by koupě obec příliš zatěžovala. Celý tento proces trval tři roky a byl provázen i zápasem politickým. Němčický les byl rozdělen mezi obyvatele Němčic, Tupes a Malých Chrášťan, les Jarov mezi Mahouš, Vlhlavy a Břehov.
V roce 1923 měly Vlhlavy 170 obyvatel – na obou „stranách“ po březích rybníka bydlelo přibližně stejně lidí.
Vlhlavské pozemky tvořilo 219 hektarů polí, 22 hektarů luk, 13 hektarů lesů, 45 hektarů pastvin a 137 hektarů rybníků. Tyto pozemky nesly již dlouhá léta následující názvy: ležící směrem k Pištínu „Na Pištínských“ a „Nad Štičí“, směrem k Plástovicům „Dlouhý“, k Hlavatcům „Hůrka“, k Mahouši „Palouky“ a „Tálky“, k Němčicům „Karasíny“ a „Pod Němčickým lesem“, k Chrášťanům „Pod Jámou“, „Lojdovský“, „Chráský“, „Placiny“ a směrem k Břehovu „Járov“.
V obci v té době fungovalo několik spolků: Místní hospodářský spolek, Sdružení chovatelů hospodářského zvířectva, Sdružení chovatelů koní, Spolek místních divadelních ochotníků a Místní organizace Republikánské strany venkovského lidu a domovin. Ves měla kovárnu, hostinec, baštu, obecní pastoušku a chudobinec.
Vlhlavy v té době patřily do českobudějovického okresu, pod okresní správní komisi v Hluboké nad Vltavou, poštu měly v Pištíně, farnost a školu v Němčicích, a tudíž i okresní školní radu v Prachaticích.
Druhá světová válka obyvatele Vlhlav kromě obvyklých povinných naturálních dávek nezasáhla. Zdejší obyvatelstvo bylo čistě české, drželo pospolu a na stranu Němců se nikdo nepřidal. Stejně tak se nikdo z mužů války neúčastnil.
Až v době poválečného odsunu Němců sem na krátkou dobu přišly dvě německé rodiny ze Sudet a sloužily u nejbohatších sedláků (u Sládků a Knotků).
Po roce 1948 nastaly zdejším bohatým sedlákům, jichž byla ve vsi drtivá většina, těžké časy. Kdo byl natolik hrdý, že se odmítl podvolit kolektivizaci, na toho byly uvaleny vysoké dávky (nejčastěji v podobě určitého množství obilí na hektar pole). Když sedlák daň nesplnil, byl poslán do vazby (většinou několikaleté). Totéž potkalo i jednoho ze zdejších nejmajetnějších sedláků Sládka (statek č. 1). Dokonce si schoval do skrýše pod schody pytle s obilím, a když se s tím mezi řečí pochlubil v kovárně, záhy jej kdosi udal. Stalo se to v roce 1953; pan Sládek byl asi na 10 let uvězněn a poslán jako většina takovýchto vězňů do jáchymovských dolů. Jeho manželka byla se třemi malými dětmi ze statku vystěhována a byla nucena jít pracovat do Plástovic. (K usedlosti č. 1 se váže ještě jedna zajímavost: Až do roku 1911 byla tato usedlost dřevěná, vjezd údajně měl dokonce v omítce zachovaný znak kohouta, erb pánů Kořenských z Terešova a na Vlhlavech. Toho roku vypukl za velkého letního sucha ve stodole požár a zničil celé hospodářství.)